Baptisti se v Sloveniji pojavijo šele v prvi polovici 20. stoletja, ko so se domov kot misijonarji vračali Slovenci, ki so se spreobrnili v tujini. V začetku se ne predstavijo z imenom baptist, ampak kot evangelijski kristjan. Največkrat so delovali kot kolpolterji. Šele ko so vzpostavili sodelovanje s hrvaškimi baptisti, so prevzeli ime baptistične cerkve. Nekaj let pred 2. svetovno vojno so se združili v Zvezo baptističnih cerkva v Jugoslaviji. Prva baptistična cerkev je bila v Trbovljah, pozneje se ustanavljajo cerkve v Ljubljani, na Jesenicah, v Celju, Kranju in v Murski Soboti. Baptistično gibanje je prisotno tudi v Mariboru, Slovenski Bistrici, Rogaški Slatini, Kamniku, Velenju, Kanalu, Kopru in drugod.
Lokalna cerkev je samostojna in odgovorna Jezusu Kristusu. Bogoslužja so preprosta: čaščenje Boga s pesmijo, učenje Božje besede in molitev. Na podlagi Svetega pisma opravljamo dva obreda: krst odraslih, ki sprejmejo vero, in spominsko večerjo.
Cerkev nima hierarhije.
Po nastanku samostojne države Slovenije je formirana Zveza baptističnih cerkva v Sloveniji, ki je članica Evropske baptistične zveze in Svetovne baptistične zveze.